全宇宙を支配しようと目論む悪の帝国『機械化帝国』。機械神の統べるこの帝国が、ついに地球侵略を開始した。帝国の配下、歯車王とその部下ギーグは壊れた機械から『機械化獣』を作り出し、春風町で大暴れする。そのとき、太古から地球を守護する光の戦士『エルドラン』が再び現れた!
恐竜時代の地球を守るために機械化帝国と戦うエルドランは、現代の平和を春風小学校6年2組の子どもたちに任せ、3体の恐竜メカ、『マッハプテラ』『ランドステゴ』『サンダーブラキオ』を託す。3体は熱血合体して、巨大ロボ『ゴウザウラー』になるのだ。峯崎拳一、立花浩美、朝岡しのぶの三人を中心にした6年2組のクラス全員18名は、地球の平和を守って戦う『ザウラーズ』となって機械化帝国に立ち向かう!